۱) در تفسیر شیعه، دو نوع مرجعیت برای امامان(ع) در نظر گرفته شد: مرجعیت علمی و مرجعیت سیاسی. مرجعیت سیاسی در سطح رهبری امت جز در مقاطع کوتاه محقق نشد اما مرجعیت علمی امتداد یافت. در بخش سیاسی، مدل میانه‌ای در حد اداره جامعه شیعه به عنوان یک اقلیت فعال اما پراکنده پذیرفته شد. این وضعیت نوعی از مرجعیت – رهبری را ایجاد کرد که بعدها به عنوان یک سنت در شیعه استوار ماند.

۲) حضور دو جریان اجتهادگرا و اخبارگرا در قرن اوّل نه تنها میان اهل سنت بلکه میان شیعیان هم مطرح بود. جریان اجتهادی افراطی عراق، مقبول نظر امامان (ع) نبود، و به همین دلیل نگاه به اجتهاد در آن عصر بدبینانه بود، اما تقویت عقل و استنباط فروع از اصول به طور ضمنی در آموزه‌های امامیان دنبال می‌شد. این که کدام یک از دو جریان در میان امامیه نیرومندتر بود، اختلافی است، اما در این که جریان اجتهادگرا در میان شیعیان بغداد غلبه یافت و پس از پدید آمدن مکتب بغداد و نجف به‌دست شیخ طوسی بر شیعیان سایر شهرها غلبه کرد، تردیدی نیست. در این مقطع، شیعیان از همه بلاد تابعیت علمای درجه اول بغداد را داشتند و این تابعیت به ویژه در حل و فصل مسائل و مشکلات علمی بود. عناوین بیشماری از رساله‌های فقهی در پاسخ به پرسش‌های علمی – فقهی شهرستان‌ها که از سوی شیخ مفید، سیدمرتضی و شیخ طوسی نوشته شده، این مرجعیت علمی را به خوبی نشان می‌دهد.

۳) در میان شیعیان اجتهادگرا – برابر اخباری‌ها - همه چیز برای شکل‌گیری مفهومی به نام «مرجعیت» آماده بود. اساس کار روی دو مفهوم «اجتهاد و تقلید» گذاشته شده بود، چیزی که گرچه محدثان و اخباریان برای آن اعتباری قائل نبودند، اجتهادگرایان سخت پایبند آن بودند. در این تفکر، مقلدان باید تابع مجتهدان باشند. در اینجا یک تفاوت میان سنیان و شیعیان بود. برای سنیان که رهبری سیاسی مستقلی به نام «خلیفه» داشتند، آنچه برای مجتهدان می‌ماند، تنها ابعاد علمی دین و شریعت بود، اما برای شیعیان که اعتبار و مشروعیتی برای خلفا قائل نبودند، دایره اطاعت از مجتهدان صرف نظر از مباحث علمی، به حوزه سیاسی هم کشیده می‌شد. این که مفهوم اجتهاد و تقلید از حوزه صرفا دینی به حوزه سیاسی هم کشیده شود، دقیقا کلید مرجعیت به شمار می‌آید.

۴) مرجعیت در شیعه با نظریه فقهی «اعتبار رأی مجتهد زنده» برابر نظریه «عدم اعتبار رأی مجتهد مرده» قدرت دوچندانی گرفت. بیشتر مجتهدان مکتب بغداد و بعدها حله تابع این عقیده بودند و بخصوص در مکتب حله (قرن ششم تا هشتم و حتی نهم)، اساس و پایه مرجعیت به معنای «اقتدار دینی و سیاسی» شکل گرفت. پایه علمی آن یکی حل و فصل مشکلات فقهی تازه و جدید (مستحدثه) بود و دوم رسیدگی به امور کلی مقلدان به ویژه برخی از مسائل مالی و اجتماعی و سیاسی آنان. علامه حلی (م ۷۲۶) نقش بسیار مهمی در شکل دهی به مفهوم مرجعیت به شکل مدرن آن که بعدها در دوره صفوی مورد استفاده قرار گرفت، داشت. او دست به اقدام مهمی زد و آن همراهی با ایلخان شیعه مغول (خدابنده) در رسیدگی به امور علمی و اجتماعی شیعیان در شهرهای مختلف بود. بعد از آن شهید اول (م ۷۸۳) که محصول مکتب فقهی حله بود، برای خود در بقاع لبنان دایره پرنفوذی ایجاد کرده بود. او ریاست شیعه را داشت. این تعبیر در برخی دیگر از شرح حال‌های علمای شیعه شام آمده است که «رأس الشیعهٔ بالشام».

۵) آغاز شدن روزگار صفوی همراه یک تحول تازه و رو به جلو و اقتدار در مرجعیت بود. این تحول برپایه تحولی بود که در مکتب حله پدید آمده بود. این زمان بحث تقلید از مجتهد زنده کاملا حل شده بود با این حال برای تأکید چندین رساله از سوی چهره‌های برجسته درباره لزوم تقلید از مجتهد زنده نوشته شد. نخستین رساله مبسوط در این باره از کرکی بود.و تحول عمده این دوره نقشی بود که مرجعیت در بازگشایی تحول سیاسی در جامعه شیعه داشت. کرکی این نقش را بر عهده گرفت. او یک فقیه نوگرا – عمل‌گرا بود. واقعیت جامعه شیعه را به خوبی درک می‌کرد و لزوم تحول را در فقه اجتهادی خود به کار گرفت. وی هم با شاه‌اسماعیل دوستی داشت و هم با شاه‌طهماسب همراهی. در مقدمه جامع‌المقاصد هم که آن را در زمان شاه‌اسماعیل نوشت به شدت از صفویان به عنوان بانیان حکومت شیعه سپاسگزاری کرد. کرکی در چندین مسأله از جمله لزوم تقلید از مجتهد زنده، برگزاری نماز جمعه، و نیز تأکید بر مرجعیت فقیه در مشروعیت دادن به دولت رساله نوشت.

۶) یک تفاوت عمده در مرجعیت در دو دوره صفوی و قاجار، سیاسی شدن مرجعیت و حرکت آن به سمت استقلال در دوره قاجاری بود. وابستگی مرجعیت به دولت در دوره صفوی بیشتر بود. در واقع علما اعتماد بیشتری به دولت صفوی داشتند. در دوره قاجاری بقایای این اعتماد باقی مانده بود اما تحولات سیاسی آنان را از یکدیگر جدا کرد. مرجعیت شیعه که در پی اقدامات نادر از ایران به عراق رفته بود، تا حدودی از تحولات سیاسی ایران هم باز ماند و بر استقلالش افزوده شد. در عراق هم به دلیل تسلط عثمانی، نمی‌توانست نمود سیاسی آشکاری داشته باشد. میدان مانور مرجعیت در عراق هم عمدتا در ایران بود. البته پس از انحلال عثمانی، عراق هم به این میدان افزوده شد و مسیر مشخص خود را رفت. مهم آن بود که مرجعیت در این دوره، مستقل‌تر، سیاسی‌تر و حتی از جهاتی مردمی‌تر شده بود. این بود تا آن که مشروطه نوع فاصله مرجعیت با دولت را تغییر داد اما هرچه بود، از قدرت مانور آن در میدان علم و سیاست کاست. دوره بعد از مشروطه برای مراجع، دوره تنگناست. عوامل دیگری هم به این امر کمک کرد.

۷) مرجعیت در نیمه دوم دوره قاجاری مرجعیت متحدی در سراسر جهان شیعه شد. دلیل آن ایجاد وسایل ارتباطی مانند خطوط تلگراف و راه‌آهن و جاده‌های شوسه بود. از زمان شیخ انصاری این تحول آغاز شد و در دوره میرزای شیرازی به اوج رسید. تنباکو مفهوم مرجعیت را سیاسی‌تر و زنده‌تر و کلی‌تر و عمومی‌تر کرد. همه عالم تشیع به یک نقطه‌نظر داشت. این میراث قبل و محصول تجربه سنگین سیاسی شیعه در تنباکو بود. این مرجعیت در دوره مشروطه از هم گسست و به دو جریان تبدیل شد. به علاوه استقلال نیم‌بند عراق، دست علمای عراق را در تحولات عراق بند کرد و ایران هم مستقل شد. با این حال، به دلیل این که تشیع یک امر فراملی بود، مرجعیت هم به مقدار زیادی فراملی ماند. هم اکنون یک ایرانی مرجعیت بخش عمده جهان تشیع خارج از ایران را عهده‌دار است و علاوه در تحولات سیاسی عراق هم نقش برجسته‌ای دارد.

۸) زمانی که امام خمینی درس اجتهاد و تقلید را مطرح کرد، این بحث یکسره به منزله درس ولایت فقیه و حکومت فقیه شد. این اوج تحولی بود که در دو مفهوم اجتهاد و تقلید به خصوص با قید مجتهد زنده صورت گرفته بود. بعدها درس‌های ولایت فقیه مرجعیت را در مرکز سیاست قرار داد. تبلور این امر در قانون اساسی بود که رابطه دو مفهوم مرجعیت و رهبری را کاملا به یکدیگر نزدیک کرد.

مهم‌ترین تحول در مفهوم مرجعیت در روزگار ما نزدیک شدن آن با مفهوم «امامت سیاسی رسمی» یا پدیده‌ای است که تحت عنوان رهبری از آن یاد می‌کنیم. این امر سبب شد تا حوزه‌ای که به صورت سنتی در اختیار مرجعیت بود، با مسائل تازه‌ای روبرو شود. در گذشته تاریخی ما، در روزگار قاجار، با تقسیم حوزه عرفی و شرعی از یک جهت و تابع و متبوع در حوزه شرع میان شاه و مجتهد از طرف دیگر، مسائل حل و فصل می‌شد. اما اکنون مفهوم رهبری، جمع میان مرجعیت دینی از یک طرف و حوزه عرف و قدرت سیاسی از طرف دیگر است. این امر چالش‌هایی را میان مرجعیت سنتی و رهبری – مرجعیت جدید پدید آورده و برای آن راه‌حل‌هایی هم ارائه شده است.